提高作物品質

　　許多微生物肥料可以提高作物品質。根瘤菌固定的氮可以輸送到籽粒中，增加豆類籽粒的蛋白質含量。此外，在某些蔬菜上使用某些微生物肥料，可以增加其維生素含量，降低葉菜類作物的硝酸鹽含量，增加果菜類作物的糖分等。

　　提高植物病(蟲)、抗逆性

　　一些微生物肥料中的微生物可以產生抗牛物質。它可以直接對抗病原微生物。抑制它們的生長和繁殖。產黃放線菌能分泌產生“5406”抗生素，對棉花黃萎病和枯萎病有一定的防治作用。此外，有益微生物在作物根部定殖后，大量生長繁殖，形成作物根際的優勢菌群。通過占據食物資源和肝臟空間，它們比致病微生物具有競爭優勢。從而抑制了這些有害微生物在植物體內的生長繁殖，間接增加了植物的抗病能力。

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